按日期和分类浏览 bioRxiv/medRxiv…

当你已知 DOI 或大致日期+学科分类，需要获取生命科学/医学预印本元数据时使用；纯关键词发现不适用。

适用场景

解决思路

1. 先阅读 uv skill 的 Setup 说明，确保 uv 已安装并在 PATH 中。
2. 若工作区根目录不存在 .licenses/literature_search_biorxiv_LICENSE.txt，则显著提醒用户查看 https://api.biorxiv.org/ 和 https://www.biorxiv.org/content/about-biorxiv 的条款，并提醒始终检查所检索论文的许可证限制，然后创建该文件记录通知文本和时间戳。
3. 根据已知信息选择入口：已知 DOI 用 search_by_doi.py；已知大致日期+分类用 search_by_dates.py（1–4 周范围并加 --category）；只有主题/关键词而无日期时不要用本技能做发现，先用支持关键词的文献技能找到 DOI 再回来取元数据。
4. 始终通过提供的辅助脚本查询，不要直接访问数据库或写自定义 curl 查询，脚本会自动执行跨进程限速和失败退避重试。
5. 使用 search_by_dates.py 时必须用窄日期范围（1–4 周）并配合 --category，因为 bioRxiv API 不支持服务端关键词/作者搜索，关键词和作者过滤是在下载整个日期范围元数据后本地执行的。
6. 用 --keywords 或 --author 搜索时，若需阅读摘要理解上下文，必须传 --include_abstracts（默认输出会剥离摘要以节省上下文）。
7. 搜索命令输出 JSON 数组到 stdout，始终重定向到文件（如 > results.json）再单独解析该文件。
8. search_by_dates.py 会自动分页抓取所有页（每页最多 100 篇）并向 stderr 报告进度，stdout 的 JSON 已包含全部过滤结果，无需手动分页。
9. 按日期搜索示例：uv run scripts/search_by_dates.py --server biorxiv --start_date 2024-01-01 --end_date 2024-01-14 --category neuroscience > results.json。
10. 关键词 OR 逻辑并含摘要示例：uv run scripts/search_by_dates.py --server medrxiv --start_date 2023-11-01 --end_date 2023-11-30 --category infectious_diseases --keywords "covid" "sars-cov-2" --match_logic OR --include_abstracts > covid_papers.json。
11. 按作者窄窗口搜索示例：uv run scripts/search_by_dates.py --start_date 2024-05-01 --end_date 2024-05-14 --author "Smith" > smith_papers.json。
12. search_by_dates.py 必填参数：--start_date（YYYY-MM-DD）、--end_date（YYYY-MM-DD）。
13. search_by_dates.py 可选参数：--server（biorxiv 默认或 medrxiv）、--category（有效学科分类，强烈推荐以大幅减少下载和过滤数据量）、--keywords（在标题/摘要中搜索的字符串列表）、--match_logic（AND 默认或 OR）、--author（不区分大小写的字符串匹配）、--include_abstracts（在 JSON 输出中包含完整摘要）。
14. 按 DOI 取元数据示例：uv run scripts/search_by_doi.py --server biorxiv --doi "10.1101/2023.08.15.551388" --include_abstracts > paper_info.json。
15. --category 必须使用有效学科分类，脚本会严格校验：bioRxiv 分类包括 animal_behavior_and_cognition、biochemistry、bioengineering、bioinformatics、biophysics、cancer_biology、cell_biology、clinical_trials、developmental_biology、ecology、epidemiology、evolutionary_biology、genetics、genomics、immunology、microbiology、molecular_biology、neuroscience、paleontology、pathology、pharmacology_and_toxicology、physiology、plant_biology、scientific_communication_and_education、synthetic_biology、systems_biology、zoology。
16. medRxiv 分类包括 addiction_medicine、allergy_and_immunology、anesthesia、cardiovascular_medicine、dentistry_and_oral_medicine、dermatology、emergency_medicine、endocrinology、epidemiology、forensic_medicine、gastroenterology、genetic_and_genomic_medicine、health_informatics、health_economics_and_outcomes_research、health_policy、health_systems_and_quality_improvement、hematology、hiv_aids、infectious_diseases、intensive_care_and_critical_care_medicine、medical_education、medical_ethics、nephrology、neurology、nursing、nutrition、obstetrics_and_gynecology、occupational_and_environmental_health、oncology、ophthalmology、orthopedics、otolaryngology、pain_medicine、palliative_care、pathology、pediatrics、pharmacology_and_therapeutics、primary_care_research、psychiatry_and_clinical_psychology、public_and_global_health、radiology_and_imaging、rehabilitation_medicine_and_physical_therapy、respiratory_medicine、rheumatology、sexual_and_reproductive_health、sports_medicine、surgery、toxicology、transplantation、urology。
17. 本技能不支持 PDF 下载；如需下载 bioRxiv/medRxiv 预印本全文 PDF，改用 literature-search-europepmc 技能，先用论文 DOI 通过 EuropePMC 查 PMCID，再用 EuropePMC 的 PDF 检索下载。
18. 若使用了本技能，确保在输出中提及，并列出所有用于产出结果的论文 URL。

适用边界 · 注意事项

• 只有主题或关键词、没有日期时，不要用本技能做发现，应先用支持关键词的文献技能找到 DOI。
• 不要用宽日期范围（数月或数年）配合 --keywords 去搜特定论文，这会导致数千次 API 调用、超时并因滥用 API 被封禁。
• 不要用本技能下载全文 PDF，应改用 literature-search-europepmc 技能。