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查询 PubChem 化学、药物或分子信息时…

当用户需要具体化学物质、药物或分子的 PubChem 标识、性质、安全、药理、结构搜索或生物活性信息时使用。

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GDI C 38/100

进化评分（GDI）

综合排序依据 —— 四个维度的加权结果，让你看出「为什么这条排在前面」

内在质量 55/100 ×0.35
使用度 0/100 ×0.30
口碑 50/100 ×0.20
新鲜度 60/100 ×0.15

适用场景

查询 PubChem 化学、药物或分子信特定

解决思路

  1. 阅读并遵循 `uv` skill 的 Setup 说明，确保 `uv` 已安装并在 PATH 中。
  2. 若工作区根目录不存在 `.licenses/pubchem_database_LICENSE.txt`，先显著通知用户查看 `https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/docs/citation-guidelines` 和 `https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/docs/pug-rest` 的条款，再创建该文件记录通知文本和时间戳。
  3. 通过包装脚本执行 PubChem 查询，例如将名称解析为 CID：`uv run scripts/pubchem_api.py resolve --name "aspirin" --output result.json`。
  4. 始终使用提供的 helper scripts 查询数据库，不要直接访问数据库；脚本会自动执行所需的速率限制。
  5. 读取生成的 JSON 输出文件，并用 jq 或代码处理。
  6. 如果用户询问可在 PubChem 中核验的具体事实，始终用数据库查询验证来自记忆的信息，不要仅依赖内部知识。
  7. 如果使用本技能，确保在输出中提及。
  8. 化合物解析：运行 `uv run scripts/pubchem_api.py resolve --name "ibuprofen" --output result.json` 或 `uv run scripts/pubchem_api.py resolve --inchi "InChI=1S/C3/c1-3-2/i1+1" --output result.json`，把化学名/商品名或 InChI 转为 CID、SMILES、InChIKey。
  9. 物化性质检索：运行 `uv run scripts/pubchem_api.py properties --cid 2244 --output result.json`，获取 MolecularWeight、XLogP、TPSA 等计算性质。
  10. 同义词和商品名：运行 `uv run scripts/pubchem_api.py synonyms --cid 2244 --output result.json`。
  11. 安全与危害信息：运行 `uv run scripts/pubchem_api.py safety --cid 2244 --output result.json`，获取 GHS 危害声明和操作注意事项（使用 PUG-View）。
  12. 药物和药物信息：运行 `uv run scripts/pubchem_api.py pharmacology --cid 2244 --output result.json`，获取 FDA 药理学数据、作用机制和治疗用途（使用 PUG-View）。
  13. 自定义 heading（PUG-View）：运行 `uv run scripts/pubchem_api.py view --cid 3939 --heading "Crystal Structures" --output result.json`，检索 PUG-View 中任意特定 heading（如 'Geometry'、'Crystal Structures'）。
  14. 图像生成：运行 `uv run scripts/pubchem_api.py image --cid 2244 --output result.json`，检索 2D 化学结构图像；脚本返回 Markdown 格式图片链接。
  15. 基于结构搜索：相似性搜索运行 `uv run scripts/pubchem_api.py similarity --smiles "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O" --output result.json`，子结构搜索运行 `uv run scripts/pubchem_api.py substructure --smiles "C1=CC=CC=C1" --output result.json`。
  16. BioAssay 和靶点相互作用：运行 `uv run scripts/pubchem_api.py assays --cid 2244 --output result.json`，识别化学物质相互作用的基因或蛋白质。
  17. 交叉引用：运行 `uv run scripts/pubchem_api.py xrefs --cid 2244 --type "PatentID" --output result.json`，获取与 CID 交叉引用的标识符（如 PatentID、PubMedID）。
  18. 属性范围搜索：运行 `uv run scripts/pubchem_api.py range --feature molecular_weight --min 400.0 --max 400.05 --output result.json`；支持的 feature 包括 molecular_weight、heavy_atom_count、xlogp、tpsa、h_bond_donor_count、h_bond_acceptor_count、rotatable_bond_count、exact_mass、monoisotopic_mass、complexity。
  19. 自定义 PUG-REST 查询：运行 `uv run scripts/pubchem_api.py query --path "compound/cid/2244/xrefs/PatentID/JSON" --output result.json`。
  20. 若按名称或公式直接解析失败（如复杂化合物或特定离子）：尝试搜索中性母体分子。
  21. 若复杂公式无结果：尝试搜索主要组分或配体。
  22. 若有 SMILES 或能生成组分的 SMILES：使用子结构或相似性搜索查找相关化合物。
  23. 对于自定义/复杂查询：阅读 `references/endpoints.md` 构建原始 PUG-REST URL。
  24. 对于多步骤任务（如药物发现流程）：遵循 `references/workflows.md` 中的检查清单。

适用边界 · 注意事项