当需要从模糊研究想法到学术级 APA 报告、PRISMA…

适用于学术研究、文献回顾、系统综述、元分析、事实查核、论文初评与苏格拉底式研究方向澄清等场景。

适用场景

解决思路

1. 用最小命令启动：`Research the impact of AI on higher education quality assurance`；苏格拉底模式用 `Guide my research on ...`。
2. 按 6 步执行：1) Scoping 形成研究问题与方法蓝图；2) Investigation 系统检索与来源验证；3) Analysis 跨来源综合与偏倚检查；4) Composition 撰写完整 APA 7.0 报告；5) Review 编辑、伦理与脆弱性扫描；6) Revision 最终润色。
3. 根据用户输入选择模式：有明确 RQ 且需 PRISMA/元分析 -> `systematic-review`；有明确 RQ 需完整报告 -> `full`；只需文献 -> `lit-review`；需快速论文比较 -> `three-way-scan`；只需快速摘要 -> `quick`；已有文本审查 -> `review`；只需事实查核 -> `fact-check`；无明确问题且想被引导 -> `socratic`。
4. 苏格拉底模式激活条件：用户没有清晰研究问题、要求被引导/指导/辅导、表达不确定研究什么或从哪开始、想头脑风暴/探索/厘清方向、只有模糊兴趣；若在 `socratic` 与 `full` 之间模糊，默认优先 `socratic`。
5. 不触发场景：写论文用 `academic-paper`；结构化审稿用 `academic-paper-reviewer`；完整研究到论文流水线用 `academic-pipeline`。
6. 按 13-agent 团队分工：`research_question_agent` 将模糊主题转为 FINER 评分研究问题并界定范围。
7. `research_architect_agent` 设计方法论蓝图：研究范式、方法、数据策略、分析框架、效度与信度标准。
8. `bibliography_agent` 做系统检索、来源筛选、APA 7.0 注释书目。
9. `source_verification_agent` 做事实查核、来源分级（证据层级）、`predatory journal` 检测、利益冲突标记。
10. `synthesis_agent` 做跨来源整合、矛盾解决、主题综合、缺口分析。
11. `report_compiler_agent` 起草完整 APA 7.0 报告（Title -> Abstract -> Intro -> Method -> Findings -> Discussion -> References）。
12. `editor_in_chief_agent` 做 Q1 期刊编辑审查：原创性、严谨性、证据充分性、verdict（Accept/Revise/Reject）。
13. `devils_advocate_agent` 挑战假设、测试逻辑谬误、找替代解释、确认偏误检查。
14. `ethics_review_agent` 审查 AI 辅助研究伦理、归属完整性、双重用途筛查、公平代表。
15. `socratic_mentor_agent` 以 Q1 期刊编辑人格，通过 5 层苏格拉底提问引导研究思考。
16. `risk_of_bias_agent` 用 RoB 2（RCT）和 ROBINS-I（非随机）评估偏倚风险；做红绿灯可视化。
17. `meta_analysis_agent` 设计并执行元分析或叙事综合；计算效应量、异质性、GRADE。
18. `monitoring_agent` 做研究后文献监测：摘要、撤稿警报、矛盾发现检测。
19. Phase 1 Scoping：`research_question_agent` 产出 RQ Brief，含 FINER 评分、范围边界（in-scope/out-of-scope）、2-3 个子问题。
20. Phase 1：`research_architect_agent` 产出 Methodology Blueprint，含研究范式（positivist/interpretivist/pragmatist）、方法选择（qualitative/quantitative/mixed）、数据策略（primary/secondary/both）、分析框架、效度与信度标准。
21. Phase 1：`devils_advocate_agent` 执行 CHECKPOINT 1，检查 RQ 是否清晰可回答、方法是否适合问题、范围是否过宽或过窄，给 PASS/REVISE 及具体反馈。
22. Phase 1 后必须用户确认才能进入 Phase 2。
23. Phase 2：`bibliography_agent` 产出 Source Corpus + Annotated Bibliography，含系统检索策略（数据库、关键词、Boolean）、纳入/排除标准、PRISMA 式流程图（如适用）、APA 7.0 注释书目。
24. Phase 2：`source_verification_agent` 产出 Verified & Graded Sources，含证据层级分级（Level I-VII）、`predatory journal` 筛查、利益冲突标记、时效性评估、来源质量矩阵。
25. Phase 3：`synthesis_agent` 产出 Synthesis Narrative + Gap Analysis，含主题综合、矛盾识别与解决、证据汇聚/分歧映射、知识缺口分析、理论框架整合。
26. Phase 3：`devils_advocate_agent` 执行 CHECKPOINT 2，检查 cherry-picking、确认偏误、逻辑链验证、替代解释是否探索，给 PASS/REVISE。
27. Phase 4：`report_compiler_agent` 产出完整 APA 7.0 草稿，含 Title Page、Abstract（150-250 words）、Introduction、Literature Review/Theoretical Framework、Methodology、Findings/Results、Discussion、Conclusion & Recommendations、References、Appendices（如适用）。
28. Phase 5：`editor_in_chief_agent` 做编辑审查，评估原创性、方法严谨性、证据充分性、论证连贯性、写作质量，给 ACCEPT/MINOR REVISION/MAJOR REVISION/REJECT。
29. Phase 5：`ethics_review_agent` 做研究诚信审查，检查 AI disclosure 合规、归属完整性、双重用途筛查、公平代表，给 CLEARED/CONDITIONAL/BLOCKED。
30. Phase 5：`ethics_review_agent` 的人类受试者部分只报告 readiness 与 authorization，要求机构决定。
31. Phase 5：`ethics_review_agent` 的 authority-bound planning 仅在 #666 replay-validated resolved-context gate 后使用 exact requirement IDs + actor/consumer scope。
32. Phase 5：`ethics_review_agent` 的 candidate rule trace 仅显示 replay-validated 且 surface-linted #669 artifact，绝不作为 pathway result 或 workflow input。
33. Phase 5：`ethics_review_agent` 的 packet structure 仅消费 replay-validated #667 manifest；确定性 status 永不变成 authorization 或 content adequacy。
34. Phase 5：`ethics_review_agent` 的 content coverage 仅消费 replay-validated #681 `LLM-ADVISORY`；保留确定性 status，并把 efficacy 报告为 `UNMEASURED`。
35. Phase 5：`devils_advocate_agent` 执行 CHECKPOINT 3，做最终脆弱性扫描、最强反论证测试、`So what?` 重要性检查，给 PASS/REVISE。
36. Phase 6：`report_compiler_agent` 产出 Final Report，处理编辑反馈、解决伦理条件、纳入 devil's advocate 洞见、最多 2 次修订循环、剩余问题写入 Acknowledged Limitations。
37. Checkpoint IRON RULE：Devil's Advocate 有 3 个强制 checkpoint；Critical-severity 问题阻塞推进。
38. Checkpoint：修订循环上限 2 次；剩余问题成为 acknowledged limitations。
39. Checkpoint IRON RULE：Ethics Review 在 Critical 完整性问题（fabrication/plagiarism/missing AI disclosure/source misrepresentation/concrete harm-enabling specifics）时停用户一次确认；可用记录理由覆盖；它确认不否决；主题本身从不阻塞；双重用途为 advisory（Responsible Use Statement），不阻塞。
40. Checkpoint：Phase 1 后需要用户确认才能继续。
41. Phase-by-phase Invocation Contract：默认 Mode A 由 `pipeline_orchestrator_agent`（在 `academic-pipeline` skill 中）端到端运行所有阶段，用 Material Passport 跟踪状态。
42. Mode B 跨会话逐阶段恢复：用户每个阶段调一个 agent；常用 `ARS_PASSPORT_RESET=1` + `resume_from_passport=<hash>`。
43. Mode B 中单阶段 agent（Bucket A）写入严格限定在分配阶段，允许读上游；多阶段 agent（Bucket B: `devils_advocate_agent`、`report_compiler_agent`）只做调用者指定阶段工作，同一次调用不扩展到其他阶段。
44. 进入 Mode B 需要明确用户信号：`/ars-<mode>` slash command 或 `[direct-mode]` 前缀；模糊跨阶段输入默认按 `.claude/CLAUDE.md` Routing Discipline + `shared/references/intent_clarification_protocol.md` 澄清。
45. 执行强制：Bucket A agent 的 Phase Boundary blocks + advisory verifier `scripts/check_pipeline_integrity.py` + hook-enabled runtime 的确定性 PreToolUse write-scope guard。
46. Socratic 模式 5 层：Clarification -> Assumption Probing -> Evidence/Reasoning -> Viewpoint/Perspective -> Implication/Consequence。
47. Socratic 核心 IRON RULE：非生成苏格拉底模式激活时绝不直接给答案；明确候选生成退出前一直如此。
48. Socratic 研究问题 authorship boundary：默认非生成；不收敛时只总结用户已表达方向 + 聚焦问题或建议 `lit-review`；绝不自动产生候选 RQ。
49. 若用户明确要求提议候选，先宣布退出非生成苏格拉底模式，并在独立行发出 `[SOCRATIC-NON-GENERATION-EXIT: explicit_user_request]`，之后才可给出明确标注的 AI 候选；不得静默切换。
50. 可选阅读探针：设置 `ARS_SOCRATIC_READING_PROBE=1` 在目标导向苏格拉底会话启用一次性诚实探针；用户引用特定论文时要求其转述一段；拒绝记录但不惩罚；默认 OFF。
51. Systematic Review 模式遵循 PRISMA 2020 的 5 阶段协议：Protocol Registration -> Systematic Search -> Screening & Selection -> Data Extraction & RoB -> Synthesis & Reporting。
52. Systematic Review v3.4.0：在 Stage 2.5（Methods items）和 Stage 4.5（剩余 items + RAISE 8-role matrix）触发 `compliance_agent`；PRISMA-trAIce Mandatory failures 阻塞 pipeline。
53. Operational mode `full`（默认）：所有 9 个核心 agent（排除 `socratic_mentor`、RoB、meta-analysis），输出完整 APA 7.0 报告，3,000-8,000 词。
54. `quick`：RQ + Biblio + Verification + Report，输出 research brief，500-1,500 词。
55. `review`：Editor + Devil's Advocate + Ethics，输出对所提供文本的 reviewer report。
56. `lit-review`：Biblio + Verification + Synthesis，输出 annotated bibliography + synthesis，1,500-4,000 词。
57. `three-way-scan`：Biblio + Verification（retrieval + WHY/HOW/WHAT extract），输出 paper shortlist 按 WHY/HOW/WHAT 比较 + 跨论文综合，800-2,000 词。
58. `fact-check`：仅 Source Verification，输出 verification report，300-800 词。
59. `socratic`：Socratic Mentor + RQ + Devil's Advocate，输出 Research Plan Summary（INSIGHT collection），迭代。
60. `systematic-review`：RQ + Architect + Biblio + Verification + RoB + Meta-Analysis + Synthesis + Report + Editor + Ethics + DA，输出完整 PRISMA 2020 报告 + forest plot data + GRADE table，5,000-15,000 词。
61. Three-Way Scan 使用条件：需要纪律性短名单且尚不需完整文献综述。
62. Three-Way Scan 定义：WHY = 论文解决什么瓶颈/问题及为何重要；HOW = 策略/方法/技术路线；WHAT = 发现/构建/未解决。
63. Three-Way Scan 优先：candidate retrieval、deduplication、compact per-paper extraction、cross-paper synthesis of shared WHY、divergent HOW、remaining gaps。
64. Three-Way Scan 每篇输出格式：`## <paper title>`、`Source: <provider> | Year: <year> | Link: <url>`、`- WHY: ...`、`- HOW: ...`、`- WHAT: ...`。
65. Three-Way Scan 后添加 common WHY、divergent HOW、strongest WHAT、unresolved global gap。
66. 若需要更广证据矩阵、主题综合或 PRISMA 式覆盖，从 `three-way-scan` 升级到 `lit-review` 或 `systematic-review`。
67. Failure Path：RQ 无法收敛（Phase 1/Layer 1 多轮仍模糊）时，`full` 模式用 candidate workflow；Socratic 模式总结用户已表达方向或建议 `lit-review`，除非明确退出非生成模式才产生候选。
68. Failure Path：文献不足（`bibliography_agent` 找到 < 5 sources）时，扩展检索策略、替代关键词。
69. Failure Path：方法不匹配（RQ 类型与方法能力错位）时，回到 Phase 1，建议 3 种替代方法。
70. Failure Path：Devil's Advocate CRITICAL（致命逻辑缺陷）时 STOP，解释问题，要求修正。
71. Failure Path：Ethics BLOCKED（Critical 完整性问题，非主题）时停用户一次确认；列出问题 + 补救路径；可用记录理由覆盖。
72. Failure Path：Socratic 不收敛（> 10 轮未收敛）时建议切换到 `full` 模式。
73. Failure Path：用户中途放弃时保存进度，提供重入路径。
74. Failure Path：仅有中文文献（英文检索为空）时切换到中文学术数据库。
75. Literature Monitoring 可选：研究后对新出版物设置监测；参考 `references/literature_monitoring_strategies.md` 获取各数据库设置说明。
76. Handoff 给 `academic-paper` 的材料：1 Research Question Brief；2 Methodology Blueprint；3 Annotated Bibliography；4 Synthesis Report；5 [如苏格拉底模式] INSIGHT Collection 和 Research Plan Summary；6 Preregistration handoff — 恰好一个 builder-produced `preregistration-artifact/1.0` sidecar（包括 unavailable receipt），当 `status=provided` 时还有明确命名的 companion bytes。
77. Handoff 触发：用户说「now help me write a paper」或「write a paper based on this」。
78. `academic-paper` 的 `intake_agent` 自动检测可用材料并跳过冗余步骤：有 RQ Brief -> 跳过主题范围；有 Bibliography -> 跳过文献检索；有 Synthesis -> 加速 findings/discussion 写作；有 preregistration sidecar -> 严格验证它和命名 companion，然后逐字节携带；绝不从散文或模板重建。
79. 非 shell 的 `research_architect_agent` 只提供明确调用者声明和 companion handle；交接前具备 shell 能力的 dispatcher 必须运行 `scripts/build_cross_document_consistency_advisory.py` 中命名的确定性 `build-preregistration-artifact` 子命令，并使用调用者持有的 RFC3339 `declared_at`；只有该 builder 可创建/更新 sidecar；之后用户明确提供会创建新的 builder-produced sidecar；省略或静默替换无效。
80. Anti-Pattern：来源选择确认偏误——只找支持假设的来源；Devil's Advocate checkpoint 必须包括反证据检索。
81. Anti-Pattern：Cherry-picking 证据——引用一个支持研究而忽略三个矛盾研究；报告完整证据图景包括冲突发现。
82. Anti-Pattern：Vibe citing——混合 2-3 篇真实论文元素成虚构参考文献；每个参考文献必须独立验证；mashup fabrication 最难检测。
83. Anti-Pattern IRON RULE：把「难以验证」当可接受——将参考文献标为「不确定」而非 FAIL；灰色地带 = FAIL；不能确认存在就不进入报告。
84. Anti-Pattern：跳过阶段——在完成来源验证前跳到综合；完整完成每个阶段；Phase N 输出是 Phase N+1 输入。
85. Anti-Pattern：浅层苏格拉底模式——给伪装成问题的答案（「Wouldn't you say X is true?」）；问真正暴露假设的问题；绝不引导到预定结论。
86. Anti-Pattern：来源等级膨胀——把博客等同于同行评审期刊；严格应用证据层级：Tier 1（同行评审）> Tier 2（预印本）> Tier 3（灰色文献）。
87. Quality Standard IRON RULE：每个 claim 必须有 citation——无无支撑断言。
88. Quality Standard：证据层级 meta-analyses > RCTs > cohort studies > case reports > expert opinion（领域中立基线；评分是 discipline-relative——满足本领域黄金标准的来源即使设计等级低也可达 Grade A；见 `references/source_quality_hierarchy.md` §Grading Rubric + §Field-Specific Adjustments）。
89. Quality Standard：矛盾披露——来源不一致时报告双方并比较证据质量。
90. Quality Standard：局限透明——每份报告必须有明确 limitations section。
91. Quality Standard：AI 披露——所有报告包含使用 AI 辅助研究工具的声明。
92. Quality Standard：可复现性——搜索策略、纳入标准、分析方法必须文档化以便复制。
93. Quality Standard：苏格拉底完整性——非生成苏格拉底模式激活时绝不直接给答案；总是通过问题引导；候选响应仅在明确退出标记后合法，且在该模式之外。
94. Cross-Agent Quality Alignment IRON RULE：CRITICAL severity = 会 invalidate 核心结论或构成学术不端的问题；需要立即解决；见 `references/cross_agent_quality_definitions.md`。
95. Integration：`deep-research` + `tw-hei-intelligence` -> 证据驱动的 HEI 政策研究；+ `report-to-website` -> 交互式研究报告；+ `podcast-script-generator` -> 研究播客；+ `academic-paper` -> 完整研究到出版流水线；`socratic` + `academic-paper (plan)` -> 引导研究 + 论文规划；`systematic-review` + `academic-paper` -> PRISMA 系统综述论文。
96. Model Tiering：当 `ARS_MODEL_TIERING` 设置，按 `shared/model_tiering.md` 路由 agents；未设置默认每个 agent 继承 session model；`economy` 时 execution-type agents 低一档但 floor Opus-class，judgment-type 留 session model；`quality-boost` 时 below-frontier session 的 judgment-type agents 在 checkpoint surfaces 跳到 frontier tier，绝不降级；未知值警告一次按 unset；Tiers 是相对位置，绝不硬钉模型 ID；方向激活时重复同阶段调用路由到 SAME worker 以累积 prompt cache；unset 时 dispatch shapes 也 byte-equivalent。
97. Output Language：跟随用户语言；学术术语保留英文；苏格拉底模式使用自然对话风格。
98. 使用参考文件与模板：按需查阅 `references/apa7_style_guide.md`、`references/source_quality_hierarchy.md`、`references/methodology_patterns.md`、`references/logical_fallacies.md`、`references/ethics_checklist.md`、`references/interdisciplinary_bridges.md`、`references/socratic_questioning_framework.md`、`references/failure_paths.md`、`references/mode_selection_guide.md`、`references/systematic_review_toolkit.md`、`references/literature_monitoring_strategies.md`、`references/argumentation_reasoning_framework.md`、`references/socratic_mode_protocol.md`、`references/systematic_review_protocol.md`、`references/cross_agent_quality_definitions.md`、`templates/research_brief_template.md`、`templates/literature_matrix_template.md`、`templates/evidence_assessment_template.md`、`templates/preregistration_template.md`、`templates/prisma_protocol_template.md`、`templates/prisma_report_template.md` 等。

适用边界 · 注意事项

• 不适用于直接写论文（应改用 `academic-paper`）、结构化审稿（`academic-paper-reviewer`）或完整研究到论文流水线（`academic-pipeline`）。
• 当用户只需要非学术的快速网络搜索或没有可验证来源要求时，不必启动完整 13-agent 流水线。
• 若缺少执行环境中的 agents/scripts/templates 或不想遵循 PRISMA/APA 等严格规范，应改用轻量研究流程。