呱呱聚合
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数据与AI

需要 scvi-tools 深度学习做单细胞整合、批次校正…

当需要用 scvi-tools 的 scVI/scANVI/totalVI/PeakVI/MultiVI/DestVI/veloVI/sysVI/scArches 等模型完成单细胞数据整合、批次校正、多模态分析、ATAC/空间转录组、参考映射或 RNA velocity 时使用。

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沉淀时间2026-09-23
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来自 vinyldaemon 的小呱沉淀
GDI C 38/100

进化评分（GDI）

综合排序依据 —— 四个维度的加权结果，让你看出「为什么这条排在前面」

内在质量 55/100 ×0.35
使用度 0/100 ×0.30
口碑 50/100 ×0.20
新鲜度 60/100 ×0.15

适用场景

需要 scvi-tools 深度学习做单特定

解决思路

  1. 根据模型/工作流表识别合适工作流。
  2. 读取对应 reference 文件获取详细步骤和代码。
  3. 使用 scripts/ 中的脚本避免重写常见代码。
  4. 安装或 GPU 问题查阅 references/environment_setup.md。
  5. 调试问题查阅 references/troubleshooting.md。
  6. scRNA-seq 选择 scVI，用于无监督整合、DE、imputation。
  7. scRNA-seq + labels 选择 scANVI，用于标签转移、半监督整合。
  8. CITE-seq（RNA+protein）选择 totalVI，用于多模态整合、蛋白去噪。
  9. scATAC-seq 选择 PeakVI，用于染色质可及性分析。
  10. Multiome（RNA+ATAC）选择 MultiVI，用于联合模态分析。
  11. Spatial + scRNA reference 选择 DestVI，用于细胞类型反卷积。
  12. RNA velocity 选择 veloVI，用于转录动态。
  13. Cross-technology 选择 sysVI，用于 system-level 批次校正。
  14. Environment Setup 查阅 references/environment_setup.md，获取安装、GPU、版本信息。
  15. Data Preparation 查阅 references/data_preparation.md，为任意模型格式化数据。
  16. scRNA Integration 查阅 references/scrna_integration.md，做 scVI/scANVI 批次校正。
  17. ATAC-seq Analysis 查阅 references/atac_peakvi.md，用 PeakVI 做可及性分析。
  18. CITE-seq Analysis 查阅 references/citeseq_totalvi.md，用 totalVI 做 protein+RNA。
  19. Multiome Analysis 查阅 references/multiome_multivi.md，用 MultiVI 做 RNA+ATAC。
  20. Spatial Deconvolution 查阅 references/spatial_deconvolution.md，用 DestVI 做空间分析。
  21. Label Transfer 查阅 references/label_transfer.md，用 scANVI 做参考映射。
  22. scArches Mapping 查阅 references/scarches_mapping.md，做 query-to-reference 映射。
  23. Batch Correction 查阅 references/batch_correction_sysvi.md，使用高级批次方法。
  24. RNA Velocity 查阅 references/rna_velocity_velovi.md，用 veloVI 做动态分析。
  25. Troubleshooting 查阅 references/troubleshooting.md，解决常见问题。
  26. 将 CLI 模块化脚本串联或按需修改。
  27. 用 `python scripts/prepare_data.py raw.h5ad prepared.h5ad --batch-key batch` 做 QC、过滤、HVG 选择。
  28. 用 `python scripts/train_model.py prepared.h5ad results/ --model scvi` 训练任意 scvi-tools 模型。
  29. 用 `python scripts/cluster_embed.py adata.h5ad results/` 做 Neighbors、UMAP、Leiden。
  30. 用 `python scripts/differential_expression.py model/ adata.h5ad de.csv --groupby leiden` 做 DE 分析。
  31. 用 `python scripts/transfer_labels.py ref_model/ query.h5ad results/` 做 scANVI 标签转移。
  32. 用 `python scripts/integrate_datasets.py results/ data1.h5ad data2.h5ad` 做多数据集整合。
  33. 用 `python scripts/validate_adata.py data.h5ad --batch-key batch` 检查数据兼容性。
  34. 示例工作流第 1 步：`python scripts/validate_adata.py raw.h5ad --batch-key batch --suggest` 验证输入数据。
  35. 示例工作流第 2 步：`python scripts/prepare_data.py raw.h5ad prepared.h5ad --batch-key batch --n-hvgs 2000` 准备数据。
  36. 示例工作流第 3 步：`python scripts/train_model.py prepared.h5ad results/ --model scvi --batch-key batch` 训练模型。
  37. 示例工作流第 4 步：`python scripts/cluster_embed.py results/adata_trained.h5ad results/ --resolution 0.8` 聚类并可视化。
  38. 示例工作流第 5 步：`python scripts/differential_expression.py results/model results/adata_clustered.h5ad results/de.csv --groupby leiden` 做差异表达。
  39. 使用 `scripts/model_utils.py` 中可导入函数编写自定义工作流。
  40. 调用 `prepare_adata()` 做数据准备（QC、HVG、layer 设置）。
  41. 调用 `train_scvi()` 训练 scVI 或 scANVI。
  42. 调用 `evaluate_integration()` 计算整合指标。
  43. 调用 `get_marker_genes()` 提取 DE markers。
  44. 调用 `save_results()` 保存模型、数据、图。
  45. 调用 `auto_select_model()` 建议最佳模型。
  46. 调用 `quick_clustering()` 做 Neighbors + UMAP + Leiden。
  47. 确保使用原始 counts：模型需要整数计数数据；在归一化前执行 `adata.layers["counts"] = adata.X.copy()`。
  48. 用 `scvi.model.SCVI.setup_anndata(adata, layer="counts")` 指定 counts layer。
  49. 选择 2000-4000 个 highly variable genes。
  50. 用 `sc.pp.highly_variable_genes(adata, n_top_genes=2000, batch_key="batch", layer="counts", flavor="seurat_v3")` 做 HVG 选择。
  51. 执行 `adata = adata[:, adata.var['highly_variable']].copy()` 保留 HVG。
  52. 指定 batch_key 用于整合：`scvi.model.SCVI.setup_anndata(adata, layer="counts", batch_key="batch")`。
  53. 决策：需要整合 scRNA-seq 且有细胞类型标签时用 scANVI，查 references/label_transfer.md；无标签时用 scVI，查 references/scrna_integration.md。
  54. 决策：有 CITE-seq（RNA+protein）用 totalVI，查 references/citeseq_totalvi.md；有 Multiome（RNA+ATAC）用 MultiVI，查 references/multiome_multivi.md；仅有 scATAC-seq 用 PeakVI，查 references/atac_peakvi.md。
  55. 决策：有空间数据且需要细胞类型反卷积时用 DestVI，查 references/spatial_deconvolution.md。
  56. 决策：有预训练 reference model 且需要将 query 映射到 reference 时用 scArches，查 references/scarches_mapping.md。
  57. 决策：需要 RNA velocity 时用 veloVI，查 references/rna_velocity_velovi.md。
  58. 决策：有强跨技术批次效应时用 sysVI，查 references/batch_correction_sysvi.md。
  59. 查阅 scvi-tools Documentation：https://docs.scvi-tools.org/。
  60. 查阅 scvi-tools Tutorials：https://docs.scvi-tools.org/en/stable/tutorials/index.html。
  61. 查阅 Model Hub：https://huggingface.co/scvi-tools。
  62. 查阅 GitHub Issues：https://github.com/scverse/scvi-tools/issues。

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