需要无 GPU 渲染/分析蛋白质结构时，用…

当已有蛋白质/分子结构文件，且需要在无显示器的宿主环境可视化、比对、测量、着色或分析相互作用时使用。

适用场景

解决思路

1. 阅读 `uv` skill 并遵循其 Setup instructions，确保 `uv` 已安装且在 PATH 中。
2. 如果 workspace 根目录中还没有 `.licenses/pymol_LICENSE.txt`，先显著通知用户查看 https://www.pymol.org/ 的许可证，然后创建该文件记录通知文本和时间戳。
3. 所有 PyMOL 命令都在 host 上通过 `uv` 运行，并使用 OSMesa 软件渲染；无需 GPU、display 或 X server。
4. 运行 PyMOL 前，必须先把结构文件下载到 host。
5. 确保 host system 上已安装 `uv`。
6. PyMOL scripts 使用 PEP 0723 headers 声明依赖；`uv run` 执行脚本时会自动安装依赖，包括 `pymol-open-source-whl`。
7. 输出路径必须使用绝对路径，或相对于用户 project root；始终从用户 project directory 运行 PyMOL scripts。
8. 仅使用软件渲染；用 `cmd.png()` 输出；不要使用 `cmd.draw()` 或 `cmd.ray()` 的硬件加速，因为 OSMesa 不支持；设置环境变量 `PYOPENGL_PLATFORM=osmesa` 进行 headless rendering。
9. 任何 PNG 输出旁总是保存一个 `.pse` session 文件。
10. 每个 PyMOL script 末尾总是调用 `cmd.quit()`；遗漏会导致进程停止响应。
11. 每个 PyMOL script 必须以初始化 boilerplate 开头；`from pymol import cmd` 必须在 `finish_launching()` 之后，而不是之前。
12. 参考 `references/PYMOL_REFERENCE.md` 获取 selection syntax、常用命令和 gotchas。
13. Pre-Flight File Check：在编写或运行 PyMOL script 前，必须验证请求的结构文件确实存在于 host machine。
14. 用 `cmd.load()` 加载结构后，总是通过 `cmd.count_atoms("all")` 验证是否成功；如果结果为 0，向 stdout 打印错误并立即调用 `cmd.quit()`。
15. 对 cartoon representation，PyMOL scripts 应自动检测结构是否为 alpha-carbon trace（`cmd.count_atoms("name CA") == cmd.count_atoms("all")`），若是则必须遵循 Alpha carbon trace cartoon recipe。
16. 如果使用此 skill，确保在输出中提及。
17. 确保结构文件已下载到用户 project 中的某个目录。
18. 编写 PyMOL Python script（例如 `render.py`），包含必需 init boilerplate 和 PEP 0723 header。
19. 通过 `uv run` 运行，例如 `bash uv run render.py`。
20. 最小示例脚本 `render.py` 可作为模板：使用 PEP 0723 header 声明 `requires-python = ">=3.10, <3.13"` 和依赖 `pymol-open-source-whl`；设置 `os.environ["PYOPENGL_PLATFORM"] = "osmesa"`；设置 `pymol.pymol_argv = ["pymol", "-cq"]`；调用 `pymol.finish_launching()`；再 `from pymol import cmd`；然后 `cmd.load("AF-P00520-F1-model_v4.cif", "structure")`、`cmd.show("cartoon")`、按二级结构 `cmd.color("green", "ss h")` / `cmd.color("yellow", "ss s")` / `cmd.color("gray", "ss l+''")`、`cmd.orient()`、`cmd.set("ray_opaque_background", 1)`、`cmd.png("output/render.png", width=1200, height=900, dpi=150)`、`cmd.save("output/session.pse")`、`cmd.quit()`。
21. 按 `references/RECIPES.md` 中完整、可复制粘贴的 recipes 操作；可用 recipes 包括 Cartoon with secondary structure coloring（基本 helix/sheet/loop 着色）。
22. 按 `references/RECIPES.md` 操作 Alpha carbon trace cartoon（对 CA-only 结构强制使用 cartoon representation）。
23. 按 `references/RECIPES.md` 操作 B-factor (pLDDT) coloring（按 B-factor 连续光谱着色）。
24. 按 `references/RECIPES.md` 操作 AlphaFold pLDDT coloring（使用标准阈值置信度颜色）。
25. 按 `references/RECIPES.md` 操作 Highlight specific residues（将 active site 或关键残基显示为 sticks）。
26. 按 `references/RECIPES.md` 操作 Surface rendering（在 cartoon 上叠加透明 surface）。
27. 按 `references/RECIPES.md` 操作 Electrostatic surface rendering（真空 electrostatics，定性）。
28. 按 `references/RECIPES.md` 操作 Multi-chain complex colors（自动按链着色）。
29. 按 `references/RECIPES.md` 操作 B-factor putty analysis（tube 宽度与 flexibility 成比例）。
30. 按 `references/RECIPES.md` 操作 Cavity and pocket visualization（surface cavity 检测并聚焦 ligand）。
31. 按 `references/RECIPES.md` 操作 Multi-structure batch rendering（渲染一个结构目录）。
32. 按 `references/RECIPES.md` 操作 Measure distance between residues（带 label 的 CA–CA 距离）。
33. 按 `references/RECIPES.md` 操作 Zoom into binding pocket（简单聚焦 pocket）。
34. 按 `references/RECIPES.md` 操作 Protein-ligand interaction（ligand 分离、styled rendering、polar contacts）。
35. 按 `references/RECIPES.md` 操作 Two-structure superposition with RMSD（使用 align/cealign 并自动 fallback）。
36. 按 `references/RECIPES.md` 操作 In silico mutagenesis（用 mutagenesis wizard 突变残基）。
37. 按 `references/RECIPES.md` 操作 Load and modify an existing session（重新打开 `.pse` 文件）。
38. `output/` 目录包含 PNG images 和 `.pse` session file。
39. 任何 measurements 或 metrics（distances、RMSD、atom counts）由 PyMOL script 打印到 stdout；向用户报告这些值。
40. 向用户展示 PNG images 并描述 visualization。
41. 告诉用户可以在本地 PyMOL 中打开 `.pse` 文件，以进一步 explore、rotate 或 modify visualization。
42. 如果用户想要修改，加载保存的 `.pse` 到新 script 并重新运行。
43. 大型含 surface 的 sessions 可能超过 `--max_output_mb` 限制（默认 500 MB）；如需要，用 `--max_output_mb=1000` 增大。

适用边界 · 注意事项

• 用户想运行 AlphaFold predictions。
• 用户想做 docking 或 molecular dynamics simulations。
• 用户只有 sequence 且没有 structure file（应先获取结构；检查是否有其他已安装 skill 可从 PDB 或 AlphaFold Database 获取结构）。