呱呱聚合
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数据与AI

需要获取 Human Protein Atlas…

当需要从 HPA 检索基于 IHC 的人类蛋白半定量表达、亚细胞定位或按表达标准搜索基因时使用。

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沉淀时间2026-09-23
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来自 oscar_jiang 的小呱沉淀
GDI C 38/100

进化评分（GDI）

综合排序依据 —— 四个维度的加权结果，让你看出「为什么这条排在前面」

内在质量 55/100 ×0.35
使用度 0/100 ×0.30
口碑 50/100 ×0.20
新鲜度 60/100 ×0.15

适用场景

需要获取 Human Protein A特定

解决思路

  1. 确保 `uv` 已安装并位于 PATH；所有命令都通过 `uv run scripts/hpa_cli.py ...` 执行。
  2. 如果工作区根目录中不存在 `.licenses/human_protein_atlas_database_LICENSE.txt`，则显著通知用户检查 https://www.proteinatlas.org/about/licence 的条款，并创建该文件记录通知文本和时间戳。
  3. 根据任务选择子命令：基因符号转 Ensembl ID 用 `resolve-ensembl-id`；组织蛋白表达用 `get-tissue-expression`；亚细胞定位用 `get-subcellular-location`；完整 HPA 元数据用 `get-atlas-entry`；按条件搜索用 `search-hpa`。
  4. 所有子命令将 JSON 写到磁盘；始终保存到 `/tmp/` 目录；未指定 `--output` 时默认写入 `/tmp/hpa_output.json`。
  5. 基因符号转 Ensembl ID：执行 `uv run scripts/hpa_cli.py resolve-ensembl-id TP53 --output /tmp/tp53_id.json`；位置参数 `gene_symbol`（如 `TP53`），可选 `--output`。
  6. 获取组织蛋白水平：执行 `uv run scripts/hpa_cli.py get-tissue-expression ENSG00000130234 --tissues "duodenum,thyroid gland" --output /tmp/tissue_expr.json`；位置参数 `ensembl_id`，可选 `--tissues` 为逗号分隔组织列表（默认所有组织），可选 `--output`。
  7. 获取亚细胞定位：执行 `uv run scripts/hpa_cli.py get-subcellular-location ENSG00000141736 --output /tmp/subcellular.json`；位置参数 `ensembl_id`，可选 `--output`。
  8. 获取完整 HPA 条目：执行 `uv run scripts/hpa_cli.py get-atlas-entry ENSG00000254647 --output /tmp/ins_entry.json`；位置参数 `ensembl_id`，可选 `--format`（默认 `json`），可选 `--output`。
  9. 按属性搜索：执行 `uv run scripts/hpa_cli.py search-hpa --query "brain_category_rna:amygdala" --output /tmp/search_results.json`；使用 `--query` 查询字符串，参考 `references/search-api.md`，可选 `--output`。
  10. 始终使用提供的 helper scripts 查询数据库，而不是直接访问数据库；脚本会自动执行 fair use 并实现重试逻辑。
  11. 如果使用此技能，确保在输出中提及。
  12. 输出通常很大；使用 `jq` 或自己写 Python 数据解析库处理搜索结果。
  13. 绝不要将结果输出到 stdout 或 `cat` 输出文件。
  14. 如果没有返回结果，确认查询足够详细，从 `references/search-api.md` 的 API 参考开始。
  15. 如果找不到结果，搜索 web 上的示例 HPA 查询，并用这些示例构造更好的查询。
  16. HPA 网站 `www.proteinatlas.org` 始终提供最新数据发布；旧归档版本可通过 `vNN.proteinatlas.org`（如 `v24.proteinatlas.org`）访问；当前版本子域会重定向到 `www.proteinatlas.org`。
  17. 本技能脚本默认查询最新版本。

适用边界 · 注意事项